Важным направлением в работе Фонда является формирование партнерских отношений с организациями, оказывающими системное влияние на формирование общественного мнения. В настоящий момент экосистема популяризации науки, технологий и инноваций состоит из нескольких больших блоков, в которых есть ядро активных «игроков» (на основании данных конкурса «Коммуникационная лаборатория», премии «За верность науке»):
Вузы: МГУ им. М. В. Ломоносова, НИТУ МИСиС, Университет ИТМО, НИУ ВШЭ, РХТУ им. Менделеева, Сколтех, СПбГУ и другие;
Институты РАН: Сибирское отделение РАН, ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнлоогий», Красноярский научный центр СО РАН, Карельский научный центр РАН, НИИ Метрологии имени Менделеева, Ботанический институт им. В. Л. Комарова;
Госорганизации: Минобрнауки, Фонд инфраструктурных и образовательных программ, АСИ, РНФ, ФПГ, Курчатовский институт, ИЦАЭ «Росатом», «Роскосмос» и другие;
Музеи: Политехнический музей, Дарвиновский музей, Планетарий, «Экспериментаниум», Минералогический музей и другие;
НКО: Ассоциация коммуникаторов в сфере науки и образования (АКСОН), Ассоциация естественно-исторических музеев, Ассоциация содействия развитию научно-технических музеев, Ассоциация Science Slam, «Всенаука» и другие;